北京鹤年堂始建于明朝・永乐三年（公元1405年)，比故宫早15年，比同仁堂早264年，600多年来，北京鹤年堂早就形成了独具特色的以“调元气，养太和”为内涵，集中医诊疗、药膳、食养、动调与一体的“鹤年堂中医药养生文化”。

北京鹤年堂中医医院秉承六百年老鹤年堂中医药治病、防病、养生“三位一体”特色精髓，兼容西医，名医、名药、名方、名法荟萃。

2009年，为了配合北京市地铁4号线菜市口站的兴建，有着611年历史的北京鹤年堂鹤年堂总店（菜市口店）于2009年7月1日正式喜迁新址，由原来广安门内大街43-1号（菜市口十字路口西北角）迁至广安门内大街6号（菜市口十字路口西南角）原址的马路对面。在保留北京鹤年堂传统的菜市口店的同时，北京鹤年堂新址由原来的两层800平米扩大为3层1700余平米，设施齐备，环境优良，门诊挂号方法与北京市各大三甲医院接轨，候诊大厅可同时容纳80余人，极大的改善了就诊环境和就诊空间，为广大患者及时，就诊创造了一个优良的医疗条件，为真正实现服务患者，方便患者，让客户买到真正物美价廉的药品提供了一个坚实的基础条件。